Historija visokog školstva u Zenici počinje 1959. godine kada je osnovana Visoka tehnička škola metalurške struke. U toku 1959. i 1960. godine intenzivno se radilo na osnivanju fakulteta, a odlukom Narodnog odbora Sreza Zenica i potvrdom ove odluke od strane Izvršnog viijeća NRBiH 1961. godine Visoka tehnička škola prerasta u Metalurški fakultet u Zenici u sklopu Univerziteta u Sarajevu.
Sljedeći korak u razvoju naučne misli i razvoju visokog školstva u Zenici je predstavljalo osnivanje Metalurškog instituta “Hasan Brkić” (sada “Kemal Kapetanović”) 1. oktobra 1961. godine.
Na osnivanje drugog zeničkog fakulteta se čekalo do 1977. godine. 31. marta te godine je, odlukom Radničkog savjeta Zajednice osnovnih organizacija Željezare Zenica i Skupštine Opštine Zenica o izdvajanju specijalističkih mašinskih odsjeka pri Metalurškom fakultetu u Zenici u samostalan fakultet, osnovan Mašinski fakultet u Zenici. Dva spomenuta fakulteta su čitav niz godina bili okosnica visokog obrazovanja u Zenici, i na njima se obrazovao veliki broj stručnih kadrova koji su bili oslonac industrije u zeničkom području, pa i šire. Shodno potrebama razvoja nauke i njene primjene u praksi na Mašinskom fakultetu je 1981. godine konstituisan Zavod za mašinstvo koji 1989. godine prerasta u Institut za mašinstvo Mašinskog fakulteta u Zenici.
U periodu do agresije na Bosnu i Hercegovinu u Zenici su otvarana odjeljenja fakulteta iz Sarajeva (Ekonomski, Pravni…), ali ova odjeljenja nisu zaživjela, tako da su ubrzo bila i zatvorena.
Sa početkom rata u BiH, za visoko školstvo u Zenici, kao i za društvo u cjelini, nastaje jedan veoma težak period. Bili su ugroženi osnovni egzistencijalni uslovi, a veliki broj studenata i nastavnog osoblja se aktivno uključio u odbranu domovine. Međutim, i pored svih problema visokoškolske ustanove u Zenici ne prestaju sa radom. Šta više, osnivaju se i nova odjeljenja, fakulteti i akademije. Tako su jedno vrijeme u Zenici djelovala isturena odjeljenja Elektrotehničkog i Medicinskog fakulteta iz Tuzle, zatim odjeljenje studija kriminalistike itd. Sva navedena odjeljenja su po završetku rata prestala sa radom.
Odlukom Predsjedništva R BiH, a shodno veoma izraženoj potrebi za nastavnicima razredne nastave, učiteljima, na najširem području BiH, dana 10.03.1994. godine u Zenici je osnovana i Pedagoška akademija u okviru Univerziteta u Sarajevu. Paralelno sa osnivanjem Pedagoške osnivana je i Islamska pedagoška akademija u Zenici, a konačnu odluku o njenom osnivanju donio je najviši organ Islamske zajednice u BiH 30.09.1993. godine.
Pored navedenih odjeljenja i akademija u Zenici počinju sa radom i odjeljenja Ekonomskog i Pravnog fakulteta iz Sarajeva, a kako je potreba za obrazovanim stručnim kadrovima iz ovih oblasti bivala sve veća, ova odjeljenja rade i danas.
Uz navedene ustanove u zajednicu visokog obrazovanja u Zenici ulazi i Javna biblioteka sa čitaonicom i svojim odjeljenjima, čija je literatura iz stručne zbirke dostupna svim studentima zeničkih fakulteta.
Univerzitet u Zenici je formiran 18. oktobra 2000. godine Odlukom Skupštine Zeničko-dobojskog kantona.