Unutrašnja organizacija rada na Univerzitetu uređena je na način kojim se obezbjeđuje povezivanje:
- Rektorata Univerziteta – putem kojeg se organizuje i rukovodi radom Univerziteta sa službama rektorata Univerziteta i administrativnih službi organizacionih jedinica u kojima se obavljaju pravni, ekonomski, administrativno – stručni i tehnički poslovi;
- Fakulteta – kao organizacionih jedinica u kojima se izvodi nastavni, naučno-nastavni, naučnoistraživački i stručni rad, te instituta, centara, zavoda – kao podorganizacionih jedinica fakulteta putem kojih se organizuje naučnoistraživački, naučno-nastavni i stručni rad;
- Univerzitetskih katedri – kao osnovnih naučno-nastavnih jedinica Univerziteta putem kojih se organizuje izvođenje naučno-nastavnog rada iz djelatnosti Univerziteta;
- Studentskog centra – kao organizacione jedinice putem koje se obezbjeđuje cjelovitost studentskog standarda;
- Instituta „Kemal Kapetanović“ – kao organizacione jedinice putem koje se organizuje naučnoistraživački, naučno-nastavni i stručni rad.